Bò Kobe được nuôi ở Nhật Bản từ thế kỉ thứ II với vai trò là động vật làm việc nặng nhọc, được sử dụng trong trồng lúa, thồ hàng, trong thời phong kiến (những năm 1600-1860), bò Kobe chỉ để sử dụng lấy sức kéo và người dân bị cấm giết mổ loài động vật vốn rất quan trọng với nền nông nghiệp Nhật thời đó.[2] Trải qua suốt thời kỳ Edo (1603–1867), người Nhật hầu như không biết tới mùi vị của thịt bò Kobe, bởi theo quan điểm Phật giáo, họ không hề ăn thịt của động vật hay gia súc bốn chân. Trong suốt quãng thời gian trên, những người có cơ hội nếm thịt bò Kobe là những người lính. Theo nhiều tài liệu lịch sử, khi tham gia chiến trận, lính Nhật được ăn khẩu phần có thịt bò, giúp họ có thêm sức chiến đấu. Chỉ tới khi Thiên hoàng Minh Trị tiến hành cải cách (1868), phong tục này mới dần được gỡ bỏ.

Khi thịt bò trở nên nổi bật hơn trong xã hội, người ta bắt đầu thuê công nhân mát-xa[14] cho những con bò để cải thiện chất lượng thịt. Địa hình miền núi của các hòn đảo Nhật Bản đã khiến cho các vùng chăn nuôi ở Kobe bị cô lập và các kỹ thuật nuôi dưỡng bò đặc biệt đã khiến cho thịt bò Kobe có các hương vị rất đặc trưng và không giống một loại thịt bò nào trên thế giới. Khi văn hóa phương Tây tràn vào Nhật Bản, loại thịt bò trứ danh này mới được khai thác làm thực phẩm. Tuy nhiên, sản lượng đàn bò này vẫn rất thấp.

Nhưng với số lượng thịt Bò Kobe "do chính Hãng Kobe xuất xưởng" không có nhiều, mỗi ngày chỉ có vài con "Ngay chính người Nhật muốn đặt thịt bò Kobe do hãng Kobe cung cấp cũng có khi vài tháng mới đến lượt" cho nên những món được quảng cáo là thịt bò kobe thì rất có thể chỉ là loại thịt bò được nuôi theo phương pháp kobe hoặc có xuất xứ ở địa danh trên chứ chưa chắc đã phải là thịt bò do chính hãng Kobe cung cấp. Trong quá khứ, một số nhà hàng cao cấp của Mỹ đã từng nhập thịt bò từ Nhật Bản và các cửa hàng này đã mặc nhiên đề trong menu của mình rằng đây là thịt bò Kobe dù sự thực chúng chỉ là thịt bò có xuất xứ từ Nhật Bản. Hiện tại Nhật Bản chỉ mới xuất thịt bò Kobe sang một nơi duy nhất là Macao.[16] Với việc nuôi thành công bò Kobe, Việt Nam cũng đã gia nhập vào hàng ngũ một số nước nuôi giống bò quý hiếm trên[17].